Como otros humedales de nuestro país, padeció un proceso progresivo de desecación, que culminó a mediados del siglo XIX, con el objetivo de ganar tierras para la agricultura. Aún así, este espacio siempre conservó un grado de inundación temporal que permitió preservar una muestra de sus comunidades vegetales y animales.
Incluida dentro de la Red Natura 2000, red de espacios naturales protegidos a nivel europeo, la laguna forma parte de un espacio natural protegido denominado Laguna de Sils y Turons de Maçanet, y es una de las zonas húmedas más importantes del Noroeste de España. En 1998, Acciónatura elabora el Proyecto de restauración y gestión de la laguna de Sils.
Además, se pretende promocionar el turismo ecológico de la zona, con la construcción de un centro de información y unos itinerarios naturalísticos para que los visitantes puedan disfrutar del espacio sin malograrlo.
- Adquisición de 31 Ha. de plantaciones de chopos para recuperar los hábitats naturales de la antigua laguna.
- Excavación de una laguna permanente de 4 Ha. y reintroducción de plantas acuáticas sumergidas.
- Construcción de un filtro verde para la reutilización de las aguas de la depuradora de Sils-Vidreras.
- Recuperación de la vegetación de ribera, mediante la plantación de árboles y arbustos.
- Restauración de los hábitats naturales de interés: prados húmedos, carrizales, etc.
- Tareas de gestión y recuperación de los ecosistemas.
- Potenciación de la fauna de la zona.
- Seguimiento de la fauna y flora.
- Organización de jornadas de voluntariado.
- Redacción de un plan de gestión.
- Construcción de equipamientos de uso público: Centro de información, torre panorámica, senderos y pasarelas de madera, señalización, etc.
- Edición de materiales divulgativos y de educación ambiental.
- Introducción de dos yeguas para la mejora de la gestión de la vegetación de los humedales. El pasto de los caballos, junto con el desbroce, debe proporcionar unos prados húmedos rejuvenecidos con una mayor diversidad vegetal y animal.
- La creación de acuerdos de custodia con los propietarios de los terrenos del estanque para optimizar su gestión.
De esta forma, con el fin de facilitar el conocimiento del patrimonio natural de la laguna y contribuir a la sensibilización de la importancia de las zonas húmedas, se ha creado un centro de información en la estación de RENFE de Sils, con una exposición permanente sobre la laguna. También se han creado itinerarios alrededor de la laguna, pasarelas de madera, observatorios... etc, con el fin de que el visitante pueda disfrutar del espacio de una manera didáctica y respetuosa con la flora y la fauna de la zona.
Por otra parte, con el fin de potenciar la vegetación autóctona, se han realizado diversas tareas de voluntariado especialmente dedicadas a la plantación de árboles y arbustos de ribera (sauces negros, sauces, fresnos, robles, cornejo rojo y endrinos, entre otros) y a la eliminación de cañas en el margen de la acequia. Con la misma finalidad, también se clareó un bosque de robles y pino piñonero.
- la Unión Europea, con la subvención del 50% del proyecto (proyecto LIFE- Natura).
- La Diputación de Girona, con su contribución económica para la realización del proyecto.
- La Agencia Catalana del Agua, con su contribución económica para la realización del proyecto.
- La Universitat de Girona, que reunió un equipo de científicos para la redacción del Plan de Gestión de la zona.
- El Ministerio de Medio Ambiente, con la financiación de jornadas de trabajo de campo con voluntarios con el fin de realizar tareas de gestión forestal en la laguna.
- El Departamento de Medio Ambiente i Vivienda, que patrocina la exposición permanente que hay en el centro de información de la Laguna de Sils, en la estación de RENFE.
- El colectivo Bisaroca, colaborador en el proyecto de educación ambiental de la laguna.
- Fundación Biodiversidad, con su contribución económica para la introducción y mantenimiento de las yeguas y caballos de la laguna.
- La Caja de Ahorros del Mediterráneo , que patrocina la exposición permanente.
- La Caixa , que ha dado apoyo económico al proyecto de educación ambiental de la laguna.
- La Fundación Caja Navarra, que a través de sus clientes, ofrece apoyo económico con la iniciativa "Tú eliges, tú decides".
- Natura Activa , realiza aportaciones económicas para la restauración y gestión del proyecto.
- Gas natural , ha subvencionado la recuperación de la calidad del agua del estanque.
- Acesa colabora en la gestión y el mantenimiento de los equipamientos de uso público del proyecto.
